HiSPARC is geografisch opgedeeld in regionale clusters. In een cluster zijn detectiestations rond een of meerdere wetenschappelijke instellingen gegroepeerd. Wanneer de onderlinge afstand tussen locaties binnen een cluster te groot is, wordt de cluster opgedeeld in subclusters.

De wetenschappelijke instellingen leveren de nodige technische, educatieve en administratieve ondersteuning. Iedere deelnemende school tekent een "Memorandum of Understanding" (MoU); een intentieverklaring waarin de lokale wetenschappelijke instelling en middelbare school wederzijdse afspraken vastleggen bij de aanschaf, installatie en onderhoud van een detector.

Op landelijk niveau is de HiSPARC coördinatie in handen van Mevr. Surya Bonam. Zij beheert de website, verzorgt de communicatie binnen het project en organiseert diverse bijeenkomsten zoals het jaarlijkse leerlingensymposium. Geïnteresseerden kunnen bij haar terecht voor nadere informatie over het project.